Au Moyen Age, la remontée de l'Odet n'était pas des plus aisées pour les navires de commerce. Perguet, située dans l’estuaire, servait d'avant-port commercial à Quimper, sous le nom de "Port Saint-Thomas". Pas moins de dix navires marchands, armés à Quimper, commerçaient principalement avec Nantes, Royan et Bordeaux. Une flottille de petites barques pratiquait la pêche à la sardine.

Le canal de la rade était toujours en eau, des batteries côtières en protégeaient les entrées et de nombreux navires vinrent s’y abriter lors des guerres contre l’Angleterre. Le bassin fut même un temps envisagé pour accueillir les vaisseaux de la marine royale, à la place de Lorient.

En 1878, Perguet prend le nom de Bénodet. Le port Sainte-Marine perd progressivement son importance et seul subsiste un petit cabotage de bois, charbon, produits agricoles, ainsi que quelques unités de pêche.