Un premier projet de fortification de la ville de Blavet, à l’estuaire du Scorff, par le duc de Bretagne François II, n’aboutira pas. Il faudra attendre la fin du 16ème siècle pour que le duc de Mercoeur, pendant les guerres de la Ligue, s’empare de la ville, en tue les habitants et confie la cité aux Espagnols. Ces derniers édifient une forteresse avec des bastions qu’ils occuperont pendant neuf ans.

Sous Louis XIII, la citadelle est en partie détruite, puis remaniée et agrandie. Blavet prend alors son nouveau nom de Port-Louis et devient une ville royale. A la fin du 17ème siècle, la Compagnie des Indes s’installe à Port-Louis, Lorient est créée et Vauban finit les fortifications de Port-Louis à l’entrée de la rade. Le site sera occupé par l’armée jusqu’en 2007.

La citadelle est aujourd’hui le musée de la Marine et de la Compagnie des Indes.